No Natal de 1999, estava recluso no CRP (Meio de Reparação Penitenciária de Taubaté), no Vale do Paraíba, princípio do PCC, criado naquela unidade em 31 de agosto de 1993. Em 2000, posteriormente participar de rebelião sangrenta, foi transferido para a Penitenciária do Estado, no Carandiru, zona setentrião paulistana.
Em 2001, o governo de São Paulo o transferiu para a Penitenciária da Papuda, no Província Federalista. Em 2002, retornou para São Paulo e passou o Natal na Penitenciária de Araraquara. No ano seguinte acompanhou as festas natalinas no CRP (Meio de Readaptação Penitenciária) de Presidente Bernardes.
O Natal de 2004 foi novamente na Penitenciária de Araraquara. Criminado por tentativa de fuga, Marcola foi outra vez removido para executar punição no CRP de Bernardes. Ficou lá até setembro de 2005, mas no Natal estava na Penitenciária 1 de Presidente Bernardes, no mesmo multíplice.
Em 2006, as autoridades o acusaram de liderar os ataques de Maio que paralisaram São Paulo e novamente foi transferido para executar punição no CRP de Bernardes. No período de 2007 a 2018, Marcola ficou na Penitenciária 2 de Presidente Venceslau.
Mais um ano em prisão federalista
Desde fevereiro de 2019, o número 1 do PCC está retraído em presídio federalista. O legisperito Bruno Ferullo, protector de Marcola, vem travando batalhas judiciais para tentar o retorno do cliente para uma prisão de São Paulo. O MP-SP já pediu a prorrogação da internação dele por mais um ano em unidade federalista.