O game reconta a história de Silent Hill 2 com pequenas mudanças, mas mantendo praticamente toda a sua estrutura, pelo que já foi divulgado. O enredo segue os passos de James Sunderland, interpretado pelo ator Luke Roberts, que recebe uma epístola de sua falecida esposa Mary. Ela convida James para retornar a um sítio onde eles tinham muitas memórias, a cidade de Silent Hill. James resolve ir até o sítio para entender o mistério, mas encontra mais perguntas e monstros horripilantes. Em Silent Hill, ele conhece outras personagens, uma vez que Maria, uma mulher semelhante à sua esposa que morreu, e Laura, uma moçoila que sabe demais sobre Mary e de alguma forma não parece ser afetada pelos monstros.
